José Bové est né à Talence le 11 juin 1953 de Joseph Bové, directeur à l’INRA et de Colette Dumeau, professeur de sciences naturelles. Il parle couramment l’anglais , ayant suivi à l'âge de trois ans ses parents invités en tant que chercheurs aux Etats-Unis.

Inscrit dans un lycée bilingue près d' Athis-Mons tenu par des frères, il en est exclu étant réfractaire à l'enseignement de la religion en 1968. Il obtient son baccalauréat avec mention. Il envisage l'enseignement de la philosophie, et s'inscrit en classe préparatoire aux grandes écoles, et à la faculté à Toulouse. Il milite dans des mouvements hostiles à la guerre du Vietnam. Il effectue un voyage en Inde en 1973 et fréquente la Communauté de Lanza del Vasto développant une philosophie de « non-violence active ».

Refusant de faire l’armée, il trouve refuge dans une exploitation agricole des Pyrénées. Avec sa femme Alice Monier, il s’installe dans le Larzac en 1976 et élève des moutons. Il participe à la lutte contre l'extension du camp militaire du Larzac. Il décide avec sa femme de squatter une ferme à l'abandon depuis 1920, Le hameau de Montredon, et de mettre en valeur les terres convoitées par l'armée. En 1981, c'est la victoire du mouvement du Larzac, François Mitterrand annonçant l'annulation du projet d'extension du camp militaire. Finalement, l’armée restera et louera les terrains, autrefois réquisitionnés.

En 1978, José Bové fonde avec sa femme un Centre cantonal des Jeunes agriculteurs. Dès septembre 1981, il fonde le Syndicat des Paysans Travailleurs de l'Aveyron, où se retrouvent les membres du CCJA. En 1987, il participe à la création de la Confédération paysanne, dont il devient l'un des cinq secrétaires nationaux. Composé de l'aile gauche de la FNSEA et de petits syndicats de gauche, ce nouveau syndicat agricole veut changer l'agriculture et s'opposer à l'industrie au nom du respect des personnes et de l'environnement

Il développe un syndicalisme actif auprès des petits producteurs qui fournissent le lait de brebis indispensable aux caves de Roquefort. Il fonde et dirige le Comité Roquefort, devenu en 1987, le Syndicat des producteurs de lait de brebis, affilié à la Confédération Roquefort.

En 1995, il participe dans l'Océan Pacifique à l'opération menée par Greenpeace contre la reprise des essais nucléaires décidée par Jacques Chirac. Il intervient également pour soutenir les mouvements des Tahitiens et des Kanaks.

Le 12 août 1999, Il démonte un McDonald's en chantier à Millau. Arrêté, il devient célèbre dans le monde entier lorsqu’il s'expose menottes aux poignets. Il s'agissait d'une protestation contre la décision de l'Organisation mondiale du commerce de valider les sanctions américaines (sous forme de taxation punitive de certaines importations d'origine européenne, dont le fromage de Roquefort), en raison du refus de l'Union Européenne d'importer du bœuf aux hormones des États-Unis.

Après cette affaire, il participe aux importantes manifestations de Seattle contre le sommet de l'Organisation Mondiale du Commerce (OMC). En janvier 2001 en marge du Forum Social Mondial, il mène une action anti-OGM au Brésil contre une unité de la société Monsanto, accusée de produire illégalement des semences de soja transgénique. Il est à Gênes aux côtés des militants altermondialistes pour manifester au sommet du G8, marqué par des violences et la mort d'un jeune italien abattu par la police.

En mars 2002, il participe à une délégation de Via Campesina invitée par les paysans palestiniens pour commémorer le Jour de la Terre. En pleine offensive lancée par l'armée israélienne il se rend dans la ville assiégée de Ramallah puis au Palais présidentiel. José Bové et Arafat procèdent à une accolade symbolique largement photographiée.

José Bové est souvent condamné pour l'arrachage de champs d'essai d'organismes génétiquement modifiés (OGM) ou de plants de riz transgénique. On retient surtout sa condamnation à dix mois ferme en 2003.  Il annonce son retrait de la Confédération paysanne à la fin du grand rassemblement du Larzac en août 2003, après le congrès des 7 et 8 avril 2004. Il poursuit néanmoins son activité syndicale internationale. Lors de la quatrième conférence internationale de Via campesina, se tenant au Brésil en juin 2004, il se voit confier le soin d’animer la campagne internationale visant à faire reconnaître la souveraineté alimentaire comme un nouveau droit de l’Homme.

Au cours de l’été 2004, José Bové et d’autres membres du réseau des « faucheurs volontaires » relancent la campagne de destruction d’essais d’OGM en plein champ. En Octobre 2005, pour faire avancer les revendications portées par le « Non de gauche » à la Constitution européenne, José Bové déclare que selon lui, des alliances entre mouvements seront nécessaires et n'exclut pas si la tâche lui est confiée, de se porter candidat à l' élection présidentielle de 2007. Cette déclaration, prise au sérieux, fait grincer des dents.