Le secrétaire général de l'Élysée Alexis Kohler a été mis en examen le 23 septembre pour « prise illégale d'intérêts » et placé sous le statut de témoin assisté pour « trafic d'influence » dans l'enquête sur ses liens avec l'armateur MSC. Il n'a pas été placé sous contrôle judiciaire.

Alexis Kohler « conteste avec force avoir commis tout délit », a assuré dans un communiqué son avocat, Me Éric Dezeuze. « Sans que soient pris en considération à ce stade les nombreux éléments objectifs à décharge, Alexis Kohler a été placé sous le statut de mis en examen pour prise illégale d'intérêts pour des faits pouvant remonter à plus de dix ans », explique Me Dezeuze, affirmant que « la suite de la procédure, à laquelle il a désormais accès » allait « lui permettre de démontrer son innocence ».

Malgré cette mise en examen, Alexis Kohler reste à son poste auprès du président Emmanuel Macron, assure toutefois l'Élysée. L'affaire était née après la publication en 2018 de plusieurs articles de Mediapart. Le Parquet national financier avait ouvert une enquête préliminaire, qu'il avait classée sans suite en août 2019, indiquant que l'analyse des éléments recueillis « ne (permettait) pas de caractériser les infractions initialement suspectées ». Mais l'association anticorruption Anticor a obtenu la relance des investigations en juin 2020 grâce à une plainte avec constitution de partie civile, qui permet la plupart du temps la désignation d'un juge d'instruction.

MSC est un important client de l'entreprise STX France (aujourd'hui renommé Chantiers de l'Atlantique), qui gère les chantiers navals de Saint-Nazaire. Alexis Kohler, bras droit et fidèle du président, est un homme extrêmement discret, se tenant loin des médias. Ce haut fonctionnaire de 49 ans occupe le poste stratégique de secrétaire général de l'Élysée depuis le début du premier quinquennat. Installé dans un bureau voisin du président, il gère au quotidien les situations d'urgence, les gros dossiers économiques et sociaux, mais aussi politiques.